Centrum vedy a výskumu koordinuje od 1. marca 2011 činnosť inštitútov, ktoré sú organizačnými súčasťami fakúlt UMB. Zodpovedá za rozvoj väčších interdisciplinárnych projektov a stále priebežné získavanie a realizáciu vedeckých projektov.
Zabezpečuje každodenné konkrétne riadenie vedecko-výskumnej činnosti, pravidelné vyhodnocovanie projektov, kontrolu ich priebehu a účelného využitia finančných prostriedkov. Organizuje výchovu vedecko-výskumných pracovníkov a univerzitné vedecké podujatia (týždeň vedy, vedecká kaviareň a pod.), činnosť grantovej agentúry UGA, činnosť atestačnej komisie a ďalšie univerzitné úlohy súvisiace s vedou a výskumom (napr. metodicko-štatistické a organizačné a propagačné služby). Buduje vlastné materiálno-technické vybavenie (vrátane knižnice). Zodpovedá za propagáciu a zviditeľnenie výsledkov vedecko-výskumnej činnosti UMB ako celku.
Zameranie inštitútov vychádza z rozvojových zámerov UMB a fakúlt v oblasti vedy a výskumu, pričom inštitúty pracujú ako
- Prevažne jednoodborové, spoločné pracoviská so SAV
- Viacodborové, zahŕňajúce viaceré akreditované oblasti výskumu fakúlt
Na UMB ako organizačné súčasti fakúlt pôsobia od 1. marca 2011 tieto inštitúty:
INŠTITÚT SOCIÁLNYCH A KULTÚRNYCH ŠTÚDIÍ - FHV
INŠTITÚT MATEMATIKY A INFORMATIKY - FPV - Spoločné prac. MÚ SAV a FPV UMB
INŠTITÚT VÝSKUMU KRAJINY A REGIÓNOV - FPV
INŠTITÚT EKONOMICKÝCH VIED - EF